Kota Munich, Jerman, tahun 1923. Dua tahun telah berlalu sejak Edward Elric diseret dari dunianya sendiri dengan kita semua, meninggalkan negaranya, teman-temannya dan adiknya, Alphonse. Dilucuti kekuasaan alkimia, ia selama ini telah meneliti peroketan bersama-sama dengan Alphonse Heiderich, seorang pemuda yang menyerupai saudaranya sendiri, berharap suatu hari menemukan jalan kembali ke rumah. Usahanya sejauh telah terbukti sia-sia, tapi setelah pinjaman tangan untuk seorang gadis gipsi bermasalah, Edward dilemparkan dalam serangkaian peristiwa yang dapat mendatangkan malapetaka di kedua dunia. Sementara itu, di dunia sendiri, Alphonse Elric usaha lebih dalam misteri alkimia dalam mencari cara untuk menyatukan kembali dengan kakaknya.
